Ano ang isang Protein Data Bank (PDB) file? Paano ito buksan at tingnan sa Windows 11?

Ang file ng protein data bank (PDB) ay isang format ng file na ginagamit upang mag-imbak ng three-dimensional na biological data. Ang mga PDB file ay karaniwang ginagamit upang mag-imbak ng data sa mga protina, nucleic acid, at iba pang biomolecules. Maaaring matingnan ang mga PDB file sa iba't ibang paraan, kabilang ang sa pamamagitan ng software tulad ng PyMOL at VMD. Sa Windows 11, maaari kang magbukas ng PDB file sa pamamagitan ng pagpunta sa File Explorer, pag-click sa tab na View, at pagkatapos ay piliin ang opsyon na ipakita ang mga nakatagong file at folder. Kapag nagawa mo na ito, dapat mong mahanap ang PDB file na nais mong tingnan. Ang mga PDB file ay isang mahalagang tool para sa mga siyentipiko na nagtatrabaho sa biomolecules, dahil pinapayagan nila ang visualization at pagsusuri ng data sa tatlong dimensyon. Ang pag-unawa kung paano buksan at tingnan ang mga PDB file ay kaya mahalagang kasanayan para sa sinumang nagtatrabaho sa larangan ng bioinformatics o computational biology.

Mga file ng Protein Data Bank (PDB). ay mga three-dimensional na molekular na file na nag-iimbak ng mga istrukturang molekular. Ngayon, kung ikaw ay nagtataka kung paano buksan ang mga ganoong file sa PC, ang post na ito ay magiging interesado ka. Dito tatalakayin natin ang mga PDB file nang detalyado at kung paano tingnan ang mga naturang file sa Windows 11/10. Kaya, nang walang karagdagang ado, tingnan natin ito!

Ano ang isang Protein Data Bank (PDB) file?

Protein Data Bank (PDB) ay isang database ng 3D structural data para sa mga protina, nucleic acid at iba pang malalaking molekula. File mula sa GDP Ang extension ng file ay karaniwang isang file na naglalaman ng data na nauugnay sa istraktura ng isang 3D biological molecule. Kasama sa data ang atomic coordinates, atomic structures, atomic connectivity, protein structure, nucleic acid structure, at higit pa. Naglalaman din ito ng pang-eksperimentong metadata.

Ang format ng file na ito ay malawakang ginagamit sa bioinformatic upang makipagpalitan ng mga coordinate ng protina. Naglalaman ito ng libu-libong linya na naglalarawan sa istruktura ng isang protina. Ngayon, kung gusto mong basahin o tingnan ang mga PDB file sa isang Windows PC, kailangan mong gumamit ng nakalaang tool ng third party dahil walang native na app para doon. Sa post na ito, tatalakayin natin ang iba't ibang paraan upang tingnan ang PDB file sa Windows 11/10.

Paano tingnan ang file ng Protein Data Bank (PDB) sa Windows 11?

Mayroong dalawang paraan upang tingnan ang file ng Protein Data Bank (PDB) sa Windows 11/10, ibig sabihin:

1. Gumamit ng libreng software upang tingnan ang mga PDB file.
2. Subukan ang isang libreng online na tool upang basahin ang mga PDB file.

1] Gumamit ng libreng software para tingnan ang mga PDB file.

Maaari kang gumamit ng third-party na Windows software na nagbibigay-daan sa iyong buksan at tingnan ang mga PDB file. Mayroong ilang mga libreng desktop app na magagamit para sa Windows na maaari mong subukan. Narito ang ilang mabubuting magagamit mo:

• IQmol
• Swiss-PdbViewer
• Cumol
• Isang molekula
• RasMol

A] IKmol

Ang IQmol ay isang libre at open source na molecular editor at visualization software para sa Windows 11/10. Gamit ito, maaari mong tingnan ang PDB pati na rin ang iba't ibang 3D molecule file tulad ng MOL, SMI, CUBE, XYZ, atbp. Sa software na ito, mahahanap mo ang lahat ng mahahalagang molecular visualization tool. Ang mga tool na ito ay mula sa basic hanggang advanced. Bilang karagdagan sa pagtingin sa PDB file, maaari mo ring i-edit ang molecular structure.

Binibigyang-daan ka nitong magbukas ng maraming PDB file nang sabay-sabay at tingnan ang lahat ng ito nang sabay-sabay. Sa panel ng Model View, maaari mong paganahin o huwag paganahin ang pag-render ng isa o higit pang mga PDB file.

Ang mga pangunahing katangian ng IQmol:

Ang mga tampok ng libre at open source na PDB file viewer na maaari mong tingnan ay:

• Mahahanap mo ang lahat ng karaniwang tool sa pagba-browse ng file, kabilang ang pag-zoom in/zoom out (gamit ang gulong ng mouse), pag-pan, pag-rotate, full screen, pag-reset ng view, pagpapakita ng mga axes, atbp.
• Pinapayagan ka nitong i-customize ang hitsura ng modelo sa pamamagitan ng pag-edit ng mga parameter tulad ng shader, ambient light, diffusion, fog strength, highlights, noise intensity, POV-Ray parameters, atbp.
• Maaari ka ring magdagdag ng mga atomic na label tulad ng atom mass, partial charge, NMR, spin density, atbp.
• Binibigyang-daan ka nitong i-customize ang mga setting ng camera ayon sa gusto mo. Maaari mong ayusin ang projection ng camera, posisyon, atbp.
• magkaroon ng isang maginhawa Awtomatikong pag-ikot isang function na nagbibigay-daan sa iyong awtomatikong iikot ang molecular model.
• Maaari mong i-save ang kasalukuyang representasyon ng istruktura ng protina sa isang format ng imahe gaya ng PNG, PPM, BMP, JPG, PS, EPS, atbp.
• Nagbibigay-daan din ito sa iyo na i-convert ang PDB sa iba pang mga molecule file gamit ang feature na 'Save As'. Mga sinusuportahang format ng output: XYZ, MOL, MOL2, CML, atbp.
• Maaari mo ring gamitin ito Pagkalkula mga function upang makalkula molecular structure energy, forces, PES scan, transition state, chemical shifts, geometry, decomposition energy, BSSE correction, at iba pa.

Bilang karagdagan sa mga function sa pagtingin, makakakuha ka ng isang espesyal na menu ng Build na may isang hanay ng mga function ng molecular construction. Kasama sa mga feature na ito ang pagdaragdag ng mga bagong atom, pagpasok ng mga bagong molekula, pagliit ng istraktura, pagtatakda ng mga isotopes, at higit pa.

Ito ay isang napakahusay na molecular modeling software kung saan maaari mong makita ang mga file ng Protein Data Bank sa iyong PC. Kung gusto mo, i-download mula rito .

Tingnan: Ang Chem4Word ay isang chemistry add-in para sa Microsoft Word. .

B] Swiss-PdbViewer

Ang Swiss-PdbViewer ay isang espesyal na libreng PDB file viewer para sa Windows 11/10. Ito ay nagbibigay-daan sa iyo upang mailarawan at pag-aralan ang ilang mga istruktura ng protina nang sabay-sabay. Maaari mong pag-aralan ang istruktura ng protina, istraktura ng DNA, atbp. na nasa PDB file. Bukod sa PDB file, pinapayagan ka nitong buksan at tingnan ang mga MOL at MMCIF file.

Kapag nagbukas ka ng PDB file, isang 3D view ang ipapakita sa interface kasama ang isang control panel window. Ang control panel ay naglalaman ng pangkalahatang impormasyon, isang listahan at isang pamagat ng file. Madali mong magagalaw ang istraktura, paikutin ito, mag-zoom in/out, atbp.

Nagbibigay-daan din ito sa iyo na ipakita o itago ang ibabaw ng tuldok, base, hydrogen bond, force vector at higit pa ayon sa iyong mga kagustuhan. Maaari mo ring i-highlight ang iba't ibang bahagi na may iba't ibang mga scheme ng kulay upang mas mahusay na pag-aralan ang istraktura. Bilang karagdagan, maaari mong gamitin ang mga feature ng display gaya ng Render in Solid 3D, Render POV, Display Labels, at higit pa.

Bilang karagdagan sa mga tool sa visualization, nakakakuha ka rin ng maraming feature ng molecular modeling. Bilang karagdagan, nagtatampok din ito ng pagkalkula ng enerhiya, pagkalkula ng H-bond, pagsusuri ng domain, pagtuklas ng domain, paglikha ng 3D motif, pagbuo ng crystallographic symmetry at iba pang mga tool.

Maaari mong i-download ito mula sa Opisyal na site .

Basahin: Ang pinakamahusay na libreng power analysis software para sa Windows 11/10.

C] QMol

Cumol ay isa pang libreng PDB viewer para sa Windows 11/10. Ito ay isang macromolecular structure visualization tool kung saan maaari mong tingnan ang mga PDB file. Ang iba pang mga file na maaari mong buksan at tingnan dito ay DX, MAP, MTZ, CNS, atbp.

Binibigyang-daan ka nitong lumipat sa pagitan ng pananaw at orthographic na mga view, i-rotate ang modelo, mag-zoom in/out, atbp. Maaari mong i-render ang modelo gamit ang POV-Ray at ang mga paraan ng pag-render ng animation nito. Ang nai-render na istraktura ay maaaring i-save sa PNG na format. Available din ang measure tool na nagbibigay-daan sa iyong sukatin ang distansya, anggulo, at twist sa modelo.

Maaari ka ring makahanap ng ilang karagdagang mga tool upang higit pang pag-aralan ang istraktura ng protina. Kasama sa mga tool na ito Molecular superposition, Mol surface cutter, Mol surface generation, Mol bond editor, interaction analysis, Mol morph animation, at iba pa.

Ito ay isang mahusay na software upang mailarawan at masuri ang istruktura ng protina na nasa mga PDB file.

Tingnan: .LIT option # Paano i-convert ang LIT sa EPUB o MOBI sa Windows?

mag-email sa backup software

D] Mga molekula

Ang susunod na PDB viewer software sa listahang ito ay Molekel. Ito ay medyo luma ngunit malakas na molecular visualization software na nagbibigay-daan sa iyong buksan at tingnan ang mga PDB file. Makakahanap ka ng maraming molecular visualization at analysis tool na nagbibigay-daan sa iyong pag-aralan ang mga istruktura ng protina.

Pinapayagan ka nitong i-customize ang pagpapakita ng mga molecule, atoms, bond, residues, atbp. Maaari kang pumili ng iba't ibang uri ng display para sa bawat isa sa kanila, tulad ng Ball & Stick, CPK, Hemisphere, SoSphere, Full Sphere, Cylinder, SoCylinder, Semicylinder, Wire, Stick, Linear Tape, atbp. Bilang karagdagan, maaari mong ayusin ang mga katangian ng 3D view, ipakita/itago ang mga bounding box, gumamit ng mga shader, atbp. Ito ay nagpapahintulot sa iyo na tingnan ang PDB file sa pamamagitan ng pagbabago ng electron density ng ibabaw ng ang istraktura at pagdaragdag ng isang ibabaw na magagamit para sa solvent, sa istraktura.

mahahanap mo Animasyon isang function sa loob nito upang i-play ang animation ng istraktura ng molekula. Mayroon din itong espesyal na menu na 'Pagsusuri' na may naaangkop na mga tool. Gamit ang mga tool sa pagsusuri, matutukoy mo ang data ng grid, rotational density, molecular electrostatic potential, emission spectrum, distansya, anggulo, at higit pa para sa isang istraktura.

Pinapayagan ka nitong i-convert ang mga PDB file sa iba't ibang mga format ng file. Kasama sa mga format na ito ang PDF, PS, EPS at Image. Kung gusto mo, makukuha mo Dito .

Basahin: Ang Complete Anatomy App ay isang karapat-dapat na pag-download para sa Windows. .

E] Rasmol

Maaari mo ring gamitin ang RasMol upang tingnan ang mga PDB file sa Windows 11/10. Ito ay libre at open source na software na nagbibigay-daan sa iyong makita at suriin ang mga istrukturang molekular. Sinusuportahan din nito ang pagbubukas at pagtingin sa iba pang mga file tulad ng MOL, XYZ, CIF, MOPAC, atbp.

Pinapayagan ka nitong tingnan ang istraktura bilang isang frame, warp, rods, ribbons, strands, atbp. Maaari mo ring i-highlight ang iba't ibang bahagi ng istraktura na may iba't ibang kulay. Nagbibigay-daan din ito sa iyo na ipakita o itago ang mga hydrogen atom, heteroatom, shadow, label, atbp. ayon sa iyong mga kagustuhan. Maaari mo ring sukatin ang distansya, pamamaluktot, anggulo, at iba pang mga halaga sa isang istraktura.

Ang software na ito ay magagamit Dito .

Tingnan: Ang Pinakamahusay na Libreng 3D Human Anatomy Software para sa Windows.

2] Subukan ang isang libreng online na tool upang basahin ang mga PDB file.

Maaari ka ring gumamit ng libreng online na tool upang buksan at tingnan ang mga PDB file. Ang kailangan mo lang gawin ay buksan ang website sa isang web browser at i-download ang PDB file upang tingnan ito. Narito ang ilang magagandang libreng online na manonood ng PDB na maaari mong subukan:

• RCSB PDB
• Molsoft

A] RCSB PDB

hindi masimulan ng windows ang serbisyo sa patakaran sa diagnostic

Maaari mong gamitin ang libreng online na tool na ito na tinatawag na RCSB PDB upang mailarawan ang mga file ng Protein Data Bank. Binibigyang-daan ka nitong mag-import ng isang PDB file at pagkatapos ay mailarawan at suriin ang molecular structure nito.

Makakahanap ka ng ilang pangunahing feature ng visualization tulad ng pag-zoom, pag-rotate, advanced na port view toggle, pag-reset ng camera, pagpili mode toggle, atbp. Nagbibigay-daan din ito sa iyong ayusin ang ilang mga setting o kontrolin ang mga opsyon tulad ng camera mode (perspektibo o orthographic), kulay ng background, sa /off. huwag paganahin ang occlusion, i-enable/i-disable ang fog, clipping, lokasyon, atbp.

Ito ay kasama Pagalawin function. Gamit ito, maaari mong awtomatikong paikutin ang istraktura ng protina. Sa pamamagitan nito, maaari mong ayusin ang bilis ng pag-ikot at anggulo. Makakakuha ka rin ng dedicated Pagsukat kasangkapan sa loob nito. Gamit ang tool na ito, maaari mong malaman ang maraming mga halaga tulad ng distansya, oryentasyon, anggulo at higit pa.

Bilang karagdagan sa mga feature na ito, maraming iba pang madaling gamiting tool ang available: structure motif search, pagdaragdag ng mga bahagi, animation export, geometry export (STL, OBJ, atbp.) at model export.

Sa kabuuan, ito ay isang napakahusay na libreng online na PDB viewer na may mahusay na hanay ng mga tool sa visualization. Maaari mong subukan Dito .

B] Molsoft

Ang Molsoft ay isa pang online na tool na maaaring magamit upang mailarawan ang mga istruktura ng PDB. Ito ay isang simpleng PDB file viewer na may mga pangunahing tampok. Una, buksan ito Website at mag-click sa tatlong-lane na opsyon sa menu. Pagkatapos noon, piliin ang opsyong 'Buksan' upang mag-import ng lokal na naka-save na PDB file o mag-upload ng file mula sa iyong Google Drive. Kapag pumili ka ng file, ipapakita nito sa iyo ang molecular structure sa viewer.

Maaari kang gumamit ng iba't ibang view mode upang mailarawan ang istraktura. Kasama sa mga view na ito ang wireframe, creatine phosphokinase (CPK), ball and rod, ribbon, at higit pa. Madali kang makakalipat sa pagitan ng mga view mode na ito upang umangkop sa iyong mga kinakailangan. Bilang karagdagan, pinapayagan ka nitong paganahin o huwag paganahin ang mga label ng atom, residue label, hydrogen bond, at mga site para sa isang mas mahusay na pag-unawa sa istraktura.

Nagbibigay din ito ng mga tool sa pagsukat. Maaari mong sukatin ang distansya, flat angle, at twist angle sa modelo. Bilang karagdagan, magagamit ang isang madaling gamiting Kulay ayon sa pag-andar, na nagbibigay-daan sa iyong kulayan ang istraktura ayon sa uri ng atom, chain, alignment, pangalawang istraktura, atbp.

Ito ay isa pang magandang online na PDB file viewer na maaari mong subukan nang libre.

Paano mag-download ng PDB file mula sa Protein Data Bank?

Upang mag-download ng PDB file mula sa Protein Data Bank, maaari mong bisitahin ang website ng Protein Data Bank, ipasok at hanapin ang pangalan ng protina o macromolecule, tulad ng human hemoglobin, chitinase, atbp. Pagkatapos ay piliin ang file mula sa mga resulta ng paghahanap at gamitin ang opsyon sa pag-download upang i-download ang PDB file. As simple as that.

Paano tingnan ang mga istruktura ng PDB?

Ang mga molekular na istruktura ng PDB ay maaaring matingnan gamit ang isang nakalaang online na tool o software application. Maaari mong subukan ang libreng software tulad ng IQmol, Swiss-PdbViewer at CueMol upang mailarawan at suriin ang mga istruktura ng PDB sa iyong PC. Kung mas gusto mong gumamit ng online na tool, maraming opsyon. Halimbawa, subukan ang mga serbisyo sa web tulad ng RCSB PDB at Molsoft. Ito ay mga libreng online na PDB file viewer na nagbibigay ng advanced na molekular na visualization at mga tool sa pagsusuri.

Paano i-convert ang PDB file sa PDF?

Upang i-convert ang PDB file sa PDF, maaari mong gamitin ang libreng desktop application na tinatawag na Molekel. Nagbibigay ito ng espesyal na opsyon na 'I-save sa PDF' na nagbibigay-daan sa iyong i-convert ang PDB file sa format na PDF. Maaari mong buksan ang PDB file at pagkatapos ay i-click ang 'File' > 'I-save sa PDF' upang i-convert ang PDB sa PDF. Napag-usapan namin ang software na ito nang detalyado sa post na ito, tingnan ito sa itaas.

Iyon lang.

Ngayon basahin: Ang Pinakamahusay na Libreng Molecular Modeling Software para sa Windows.